论文查重工具能够识别重复内容的主要原理是基于文本比对算法，通过对比文本相似度来判断是否存在抄袭行为。常见的识别方法包括基于关键词比对、基于语义分析和基于指纹技术等。其中，基于指纹技术是一种高效的方式，通过生成文本指纹并计算相似度来检测文本相似性。此外，一些高级的查重工具还会结合机器学习和人工智能技术，提高查重准确度。

另外，论文查重工具还会检测格式、结构、引用方式等方面的重复内容。例如，工具会识别相同的段落、句子、甚至单词，以及引用的来源是否符合规范。通过这些综合的识别方法，论文查重工具能够全面准确地检测出重复内容，帮助学术界维护学术诚信和学术规范。